SMP Negeri 12 Pekalongan memiliki beberapa mata pelajaran sebagai berikut:

1. Bahasa Inggris
Mata pelajaran yang membekali siswa dengan keterampilan berbicara, menulis, membaca, dan mendengarkan dalam bahasa Inggris.

2. Bahasa Indoneisa
Mempelajari keterampilan berbahasa Indonesia yang baik dan benar, mencakup membaca, menulis, berbicara, dan mendengarkan.

3. Bimbingan Konseling (BK)
Memberikan bimbingan kepada siswa dalam mengembangkan potensi, mengatasi permasalahan, serta merencanakan masa depan pendidikan dan karier.

4. Ilmu Pengetahuan Sosisal (IPS)
Mengajarkan sejarah, geografi, ekonomi, dan sosiologi untuk memahami lingkungan sosial dan budaya.

5. Informatika
Membekali siswa dengan keterampilan dasar dalam teknologi informasi, pemrograman, dan penggunaan komputer.

6. Seni Budaya
Mengembangkan kreativitas siswa melalui seni musik, tari, rupa, dan teater.

7. Bahasa Jawa
Memperkenalkan siswa pada budaya dan bahasa daerah Jawa sebagai bagian dari pelestarian budaya lokal.

8. Pendidikan Jasmani,Olahraga,dan Kesehatan (PJOK)
Mengajarkan pentingnya kebugaran jasmani, olahraga, serta pola hidup sehat.

9. Matematika
Mempelajari konsep angka, aljabar, geometri, statistika, dan pemecahan masalah logis.

10. Prakarya
Membantu siswa mengembangkan keterampilan tangan dalam bidang kerajinan, rekayasa, budidaya, dan pengolahan makanan.

11. Pendidikan Agama Islam dan Budi Pekerti
Mengajarkan nilai-nilai agama Islam dan budi pekerti yang baik dalam kehidupan sehari-hari.

12. Ilmu Pengetahuan Alam (IPA)
Mengenalkan siswa pada ilmu fisika, kimia, dan biologi untuk memahami fenomena alam.

13. Pendidikan Pancasila
Membentuk karakter siswa berdasarkan nilai-nilai Pancasila, kewarganegaraan, dan kebangsaan.