SMP Negeri 12 Pekalongan memiliki beberapa Ekstrakurikuler sebagai berikut:

1. Jurnalistik
Ekstrakurikuler jurnalistik membekali siswa dengan keterampilan menulis berita, artikel, dan opini. Siswa juga belajar fotografi, desain grafis, dan editing video untuk mendukung media sekolah.

2. Voli
Ekstrakurikuler bola voli bertujuan mengembangkan kemampuan siswa dalam olahraga voli, meningkatkan kekompakan tim, serta membangun mental juara melalui latihan rutin dan kompetisi.

3. Tari
Ekstrakurikuler tari mengajarkan berbagai jenis tarian tradisional dan modern. Siswa dilatih untuk tampil di berbagai acara sekolah maupun kompetisi seni.

4. Pramuka
Pramuka melatih kedisiplinan, kepemimpinan, dan keterampilan bertahan hidup di alam. Kegiatan meliputi latihan baris-berbaris, tali-temali, hingga kegiatan sosial dan kemanusiaan.

5. PBB
Kegiatan PBB melatih siswa dalam kedisiplinan dan kekompakan melalui baris-berbaris, penghormatan, serta formasi gerakan yang teratur. Ini juga berguna untuk persiapan upacara dan lomba PBB.